1、關注點不同
ISO9001:2008標準是一個管理體系標準，它通過建立方針和目標并實現這些目標來達到對質量的指揮和控制，他關注的是使 與質量目標有關的實現結果適當地滿足相關方的需求、期望和要求。而HACCP所關注的不是總體方針目標的制定和實現，而是通過進行危害分析、確定關鍵控制點、制定糾偏措施，以防止食品安全危害。這是兩個不同層次的系統，其建立的思路、使用范圍和評價要求均不同。
2、對控制的范圍要求不同
ISO9001:2008與HACCP都要求對過程進行分析和識別和控制，但ISO9001:2008是要求企業對全部的質量體系過程進行識別，它包括質量管理體系、管理職責、資源管理、產品實現及測量、分析和改進五個大的要素，其中既控制過程質量，又控制產品質量，最終達到顧客滿意。而HACCP只要求企業對影響安全衛生的危害進行分析，對確定的關鍵控制點進行監控，通過７個方面的控制，達到預防、消除或降低危害。
3、對文件化的要求和證實程度不同
ISO 9000與HACCP都需要建立程序，ISO9000是要求企業建立文件化的質量管理體系，其中有6個要素要求企業建立并執行文件化的程序并對文件的控制有著嚴格的要求。而HACCP僅要求企業建立記錄保存程序和驗證程序。ISO9001:2008要求企業提供符合要求和質量管理體系有效運行的證據，而HACCP僅要求對分析、控制和驗證過程加以證實。
4、對質量策劃的文件化要求不同
ISO9001:2008強調企業進行質量策劃，并要求制定為確保其有效策劃所需的文件，為確保對過程的有效運行和控制，我們通常將質量策劃的結果以適當形式形成文件，形成的文件可以是文件化的程序，也可以是質量計劃，它強調的是質量策劃的結果。而HACCP要求企業進行危害分析、確定關鍵控制點及關鍵限值、制定糾偏措施，要求對分析的過程形成文件，強調的是策劃的過程。
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