根據海關估價規則，進口貨物如與特許權使用費相關，而貨物進口價格未包含該特許權使用費的，貨物進口方應向海關申報對外支付特許權使用費的情況，并將之計入貨物完稅價格，進而繳納進口關稅和增值稅。
也就是說，本來估價100萬美元的貨物由于沒考慮到知識產權特許使用費的因素，這時，進口方需就特許權使用費與特定進口貨物無關承擔舉證責任。進口方如果未盡該舉證責任，海關即有權將相關的進口貨物所對應的特許權使用費計入該進口貨物完稅價格，有可能會在進口時遭遇海關進行包含知識產權特許權的“真實估價”而達到1000萬美元，按照貨物的進口稅率，征收進口關稅與增值稅，這樣而增加的關稅成本往往是不能承受之重。
另外，即便進口方可以證明所支付或者應付的特許權使用費與特定進口貨物無關，如果海關證明存在法定“視為相關”的情形，海關仍然有權就特許權使用費征稅。依據所許可的知識產權內容不同(專利權、商標權、著作權、專有技術、分銷或轉售權)，“視為相關”的情況也有所不同。
因此，在海關調查或者稽查案件中，企業需要證明不存在法定“視為相關”的情形，此點至為關鍵。但是，由于企業在訂立知識產權許可協議時，為證明特許權使用費數額的合理性，往往將所有看來有關的知識產權權利全部列入許可范圍，而不論是否實際發生了許可使用。這種做法嚴重影響了企業證明不存在“視為相關”的情況的能力，增大了海關征稅的風險。
如果企業無法證明特許權與進口貨物無關，則之前未申報特許權使用進而造成抵繳關稅的行為，可能屬于違規，一旦海關調查發現存在故意偷逃關稅，則甚至可能構成走私。除了特許權使用費與進口貨物的相關性之外，就特許權使用費所應征稅的進口貨物范圍也很關鍵。法定的標準、相關的海關實踐，與企業直觀地理解相去甚遠，不同的海關也有不同的做法。所有這些均導致與特許權使用費相關的諸多關稅問題異常復雜，在法律上存在相當的技術性，必須慎之又慎。
一些跨國企業不止一次提出，既然特許權使用費的金額一般按照國內銷售金額的百分比計算，因此那些計入特許權使用費的國內銷售產品，與特許權使用費有關。但是，從法律的角度來看，這些特許權使用費的計算標準，僅僅是計算標準，它本身并不是判斷進口貨物相關性的依據。關鍵的問題，仍然是企業能否證明不存在法定的“視為相關”的情況。
特許權使用費的關稅風險，已經成為在華跨國公司需要重視的法律及合規問題。在訂立知識產權進口許可協議時，企業必須弄清如下法律問題：企業可否證明，所支付的或者應付的特許權使用費與進口貨物無關。如可證明，則無關稅問題;如不能證明，則必須申報特許權使用費。有關關聯性、有關進口產品的范圍、應稅的特許權使用費的金額等，均可以根據企業情況，預先進行協議及法律安排。
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