食品安全管理體系認證（ISO22000）與危害分析和關鍵控制點認證（HACCP）都是針對食品安全的管理體系。兩個體系的認證標準ISO22000、GB/T27341均以HACCP的7個基本原理為核心內容，參照了國際食品法典委員會頒布的《食品衛生通則》的附件《危害分析與關鍵控制點（HACCP）體系及其應用準則》而制定。
根據國家認監委官方網站2007年發布的《關于食品安全管理體系認證審批政策的說明》的界定：依據GB/T22000（ISO22000）開展的認證定義為“食品安全管理體系認證”（簡稱FSMS認證）；依據HACCP相關技術規范開展的認證為“HACCP認證”。且由于“HACCP認證已經在國內外貿易中得到了普遍的承認，因此在一段時間內允許GB/T22000（ISO22000）認證與HACCP認證并存”。本文介紹兩者異同。
一、ISO22000與HACCP的內容之區別
ISO22000:2005是國標準化組織（ISO）于2005年發布的國際標準，我國于2006年等同采用并轉化為國家標準GB/T22000-2006；GB/T27341-2009是國家質檢總局于2009年參照GB/T22000-2006、國際食品法典委員會（CAC）《危害分析與關鍵控制點體系及其應用準則》而制定的國家標準。
首先，兩個標準的適用范圍不同，ISO22000比GB/T27341的適用范圍更廣。ISO22000:2005《食品安全管理體系-食品鏈中各類組織的要求》，適合于食品鏈中的各類組織，包括直接介入食品鏈中的組織，包括但不限于飼料加工者，收獲者，農作物種植者，輔料生產者，食品生產者，零售商，食品服務商，配餐服務組織，提供清潔和消毒服務、運輸、貯存和分銷服務的組織；也包括其他間接介入食品鏈的組織，包括但不限于設備、清潔劑、包裝材料以及其他與食品接觸材料的供應商。GB/T27341-2009《危害分析與關鍵控制點體系食品生產企業通用要求》，適合于食品生產（包括配餐）企業。
盡管兩個標準均以HACCP的7個基本原理為核心，以CAC《危害分析與關鍵控制點體系及其應用準則》12個步驟為主線制定的標準，但兩個標準在結構與內容上存在一定的差別。ISO22000標準完成參照ISO9001：2008標準結構；GB/T27341標準前面部分參照了ISO9001:2008標準結構，第7部分完全引用了CAC《危害分析與關鍵控制點（HACCP）體系及其應用準則》12個步驟。在內容上各具特色，ISO22000標準特別強調了在食品鏈中相關方之間溝通的重要性，為了確保食品鏈每個環節中所有相關的食品危害均得到識別和充分控制，沿食品鏈進行的溝通必不可少。組織在食品鏈中的上下游的組織間均需要進行溝通。與顧客和供方關于確定的危害和控制措施的溝通將有助于澄清顧客和供方的要求。同時強調了“確認”和“驗證”的重要性，在標準多處提到了確認和驗證的要求。GB/T27341標準特別強調了“食品防護計劃”的重要性，食品防護計劃是為了保護食品供應，免于遭受生物的、化學的、物理的蓄意污染或人為破壞而制定并實施的措施，是HACCP計劃的必要補充。
二、ISO22000與HACCP的認證范圍的區別
上面提到ISO22000標準適用于食品鏈中的各類組織，包括直接介入食品鏈中的組織，也包括間接介入食品鏈中的組織；GB/T27341標準適合于食品生產（包括配餐）企業。但在我國目前兩個體系的認證范圍都有嚴格的限制。
食品安全管理體系FSMS認證所依據的標準為ISO22000:2005，以及各類產品的專項技術規范，目前專項技術規范共有29個。沒有專項技術規范的產品不能開展IS022000FSMS認證。
HACCP體系的認證標準是GB/T27341-2009（&GB14881）。對申請出口食品生產企業備案采信HACCP認證的企業，審核依據還應包括《出口食品生產企業安全衛生要求》（國家認監委2011年第23號公告）和相關注冊衛生規范、進口國（地區）相關食品安全衛生法規要求。
三、采信情況
根據國家質檢總局2011年第142號令《出口食品生產企業備案管理規定》，出口食品生產企業備案的現場檢查可采信第三方認證結果。
2013年4月10日，國家認監委發布了“關于下發出口食品生產企業備案采信危害分析與關鍵控制點（HACCP）體系認證指導意見的通知（草案）”。
通知規定，出口食品生產企業備案采信范圍為“危害分析與關鍵控制點（HACCP）體系認證。”ISO22000體系認證結果暫不被采信。
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