1、ISO22000與FSSC22000都可以用于組織的自我完善和日常管理規范檢查的第一方內審。也可以用于作為組織對其供應商第二方審核的標準依據，當然也可以用于第三方商業認證。
2、ISO22000是一個食品安全管理體系國際標準，涵蓋了系統化管理體系的全部特征;它可以指導食品鏈中的各類組織，按照最基本的管理要素要求建立以HACCP為原理的食品安全管理體系。FSSC22000是一個食品安全管理原理，只是針對產品流程風險評估的工具。
3、涵蓋的范圍不同。ISO22000覆蓋了全部食品鏈的各類組織;FSSC22000只是針對生產、制造類企業，偏重于一個生產組織，并通過PAS220讓體系實施者和體系評估者，找到了PRP的具體要求。
4、執行時的側重點不同。ISO22000著重于食品鏈，在執行過程中更偏重于相互溝通、體系管理等;FSSC22000著重于單個組織，在執行過程中則更偏重于員工培訓、文件控制、異物控制、產品放行等。
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