綠色食品標志使用證書有效期三年。
證書有效期滿，需要繼續使用綠色食品標志的，標志使用人應當在有效期滿三個月前向省級工作機構書面提出續展申請。省級工作機構應當在四十個工作日內組織完成相關檢查、檢測及材料審核。初審合格的，由中國綠色食品發展中心在十個工作日內作出是否準予續展的決定。準予續展的，與標志使用人續簽綠色食品標志使用合同，頒發新的綠色食品標志使用證書并公告;不予續展的，書面通知標志使用人并告知理由。
標志使用人逾期未提出續展申請，或者申請續展未獲通過的，不得繼續使用綠色食品標志。
綠色食品標志使用權的有效期是3年，從通過認證獲得證書當日算起，期滿后，生產企業必須重新提出認證申請。期滿不再續展的，由商標局撤銷該綠色食品標志。
《中華人民共和國商標法》第五十條：注冊商標被撤銷、被宣告無效或者期滿不再續展的，自撤銷、宣告無效或者注銷之日起一年內，商標局對與該商標相同或者近似的商標注冊申請，不予核準。
第五十二條：將未注冊商標冒充注冊商標使用的，或者使用未注冊商標違反本法第十條規定的，由地方工商行政管理部門予以制止，限期改正，并可以予以通報，違法經營額五萬元以上的，可以處違法經營額百分之二十以下的罰款，沒有違法經營額或者違法經營額不足五萬元的，可以處一萬元以下的罰款。
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