1.管理思想一致。均采用過程控制方式，通過識別過程，確定控制內容，制定控制方法，驗證控制方法的有效性，改進和完善體系。
2.采用的術語基本一致。除ISO22000重新定義的4個術語外，ISO9000的其他術語和定義在ISO22000中均適用。
3.結構基本相同。基本采用管理職責、資源管理、產品實現、驗證和改進四大部分。
4.ISO22000考慮了ISO9001的條款，以加強相互的兼容性。
除涉及食品安全的控制內容外，管理體系中共性要求的條款一致，容易實現組織建立食品質量和安全管理體系。在質量管理體系框架內設計、運行和更新食品安全體系，并將之納入到組織的整體管理活動中，將為組織和相關方帶來最大的利益。
5.ISO22000盡管為其他管理體系提供了接口，但組織實施ISO22000認證時，僅關注食品安全方面的問題。但不排斥組織將其他管理體系要素的內容結合于體系中。
它們的不同：
1.前者研究的是食品安全，后者研究的是產品質量。
2.前者關注食品鏈中組織間和組織內的溝通、食品安全方針、突發事件準備和響應、安全產品的策劃和實現、前提方案（基礎設施、工作環境）等；后者包含以顧客為關注焦點、與顧客的溝通、質量方針、不合格品控制、產品實現等條款。
3.ISO22000可以獨立于其他管理體系標準單獨使用，其實施可結合或整合現有相關管理體系要求，組織也可利用現有管理體系建立一個符合ISO22000的食品安全管理體系。當與其他管理體系一起使用時，組織的最高管理者必須承諾能夠滿足ISO22000的要求。
4.ISO22000旨在協調全球范圍食品鏈內食品安全管理的要求，尤其適合于尋求更有重點、更連貫和更有整體性的食品安全管理體系，而不僅是針對某一點解決某一問題。
5.ISO22000的應用不以守法為最低要求，但是它要求組織將有關食品安全的法律法規要求納入食品安全管理體系。
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