1、識別不充分，僅著眼于生產活動，忽略能資源消耗及產品使用及服務過程等的環境因素
許多公司在識別、評價環境因素時針對水、氣、聲、渣(固廢)等有污染物排放的環節考慮的比較全面，而在源頭避免或減少污染物產生方面比較薄弱 ，ISO14001標準核心原則就是以污染預防為主，因此在進行環境因素識別與評估時需著眼于產品的整個生命周期，從工藝及產品設計、原輔材料選擇、生產加工、運輸倉儲、產品使用、服務及廢棄等各個方面，都需加以考慮。
另外，有的公司只識別到污染類的環境因素，而沒有將能資源，如水、電、氣等的使用和消耗納入評估范圍。其次，有部分以生產為主的企業，在識別的過程中，只針對生產制造等直接部門進行環境影響評估，而忽略間接服務部門和可施加影響的相關方的環境影響，如倉儲、能源供應、承攬商施工等，這都是沒有全面識別到環境因素的表現，缺乏充分性。
2、識別不全面，遺漏緊急及異常狀態下的重要環境因素 有些公司在生產過程中，雖然會產生各種污染物，但是因為管理體系完善，污染防治設施齊全，控制得力，污染物排放濃度優于法規管制標準，因此，環保管理人員會誤認為這方面不會存在重要環境因素，這種想法是不對的，因為污染防治設施發生故障時、定期維修時、人為失誤時、超量排污等異常或緊急狀態下可能會產生嚴重的環境影響。
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