在HSE管理體系建立實施過程中，企業需要從系統改進角度對發現的不符合評價結果采取相應的處理措施，以實現HSE管理體系建立的目的。一般，系統改進的主要內容包括：HSE管理體系運行不符合項數據分析，制定糾正、預防措施等。
1、HSE管理體系運行不符合項數據分析
企業應收集和分析HSE管理體系業績、生產與服務過程、相關方對企業HSE活動的反映的測量和監視數據以及國家的有關法律、法規及技術規范要求、行業先進企業的HSE管理體系運行情況資料等，采用經驗判斷、自查-檢查單、行業規范和標準、系統評判技術等分析其存在的問題，找出產生的原因及其相關性。
2、制定糾正、預防措施
在對HSE管理體系運行不符合項數據分析的基礎上，采用定性，定量風險評判技術，對不符合產生的危害程度和后果及潛在的后果進行評價分析，從而根據危害程度和后果及潛在的后果、企業的資源狀況、對危害的容忍程度及國家的有關法律、法規及技術規范要求制定相應的糾正、預防措施。
3、評審糾正、預防措施
企業應采取多方論證的方法對糾正、預防措施進行評審。評審的主要內容包括：糾正、預防措施是否與不符合項的嚴重程度相適應;糾正、預防措施是否可以防患于未然;糾正、預防措施是否能避免同類問題的發生;糾正、預防措施是否在企業現有的資源條件下能夠實現等。如果糾正、預防措施沒有通過評審則要對其進行修訂、優化，或根據需要對HSE管理體系重新進行監視與測量并重復其后的所有過程，直到糾正、預防措施通過評審。
4、驗證糾正、預防措施
企業應對經過評審的糾正、預防措施進行驗證。通過實施糾正、預防措施和對實施過程進行監測、分析，來驗證糾正、預防措施能否消除不符合及消除的程度，是否達到預期的目的等。如果糾正、預防措施沒有達到預期的目的，則要對實施過程進行改進或對糾正、預防措施進行修訂、優化或根據需要對HSE管理體系進行重新的監視與測量并重復其后的所有過程，直到糾正、預防措施通過達到預期的目的。
5、HSE管理體系文件修訂、優化
企業應根據糾正、預防措施驗證的結果，根據需要對HSE管理體系相關文件按文件控制程序進行修訂、優化。
6、HSE管理體系文件修訂、優化的評審
企業對修訂、優化后的HSE管理體系文件要企業多方論證，以確保其內容、格式、框架等符合要求，并根據評審的結果進行文件的再修訂、優化，直到通過評審。
7、HSE管理體系文件再批準與頒布
經評審的HSE管理體系文件要按照文件控制程序由相關的責任人和部門進行批準與頒布。同時對文件發放過程進行控制并予記錄，及時收回已作廢失效的文件。
當然，除了系統改進之外，企業在實施HSE管理體系過程中，還需要注重系統完善，通過建立HSE信息化系統、完善HSE信息管理系統等方式做好信息反饋、HSE管理體系評審等工作。
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