管理體系認證審核屬于第三方審核類型。根據ISO/IEC 17021-1《合格評定 管理體系認證機構要求》規定，管理體系的初次認證審核應分為兩個階段實施：第一階段和第二階段。
一、ISO認證、iatf16949認證第一階段審核主要是收集必要的相關信息，為第二階段審核的順利實施做好充分的準備工作。
第一階段審核的目的為：
1.審核受審核方的文件化管理體系信息;
2.評價受審核方現場的具體情況，并與受審核方人員進行討論，以確定第二階段的準備情況;
3.審查受審核方理解和實施標準要求的情況，特別是對管理體系的關鍵績效或重要的因素、過程、目標和運作的識別情況;
4.收集關于受審核方管理體系范圍的必要信息，包括：受審核方的場所、使用的過程和設備、所建立的控制的水平(特別是客戶場所為多場所時)、適用的法律法規要求;
5.審查第二階段所需資源的配置情況，并與受審核方商定第二階段相關細節;
6.結合管理體系標準或其他規范性文件，充分了解受審核方的管理體系和現場運作，以便為策劃第二階段提供關注點;
7.評價受審核方是否策劃和實施了內部審核與管理評審，以及管理體系的實施程度能否證明審核方已為第二階段做好準備。
二、ISO認證、iatf16949認證第二階段審核的目的是受審核方管理體系的實施情況，包括有效性。第二階段審核的目的主要包括：
1.判斷受審核方的管理體系是否符合審核準則的所有要求，管理體系是否得到有效運行，是否有效實施了組織的方針和目標;
2.判斷受審核方是否遵守了環境管理體系的各項程序;
3.確定組織的管理體系是否能夠通過現場審核，推薦認證注冊。
需要特別說明的是，第二階段審核應覆蓋體系擬認證范圍內的所有部門和活動，關注并重點評價受審核方管理體系和“標準”所有要求的實施情況，包括對管理體系標準要求的符合性和管理體系運行的有效性。因此，第二階段審核應在受審核方的現場收集審核證據，并至少覆蓋以下方面：
1.與適用的管理體系標準，或其他規范性文件所有要求的符合情況及證據;
2.依據關鍵績效目標和指標(與適用的管理體系標準或其他規范性文件的期望一致)，對績效進行的監視、測量、報告和評審;
3.受審核方管理體系的能力以及在符合適用法律法規要求和合同要求方面的績效;
4.受審核方過程的運作控制;
5.內部審核和管理評審;
6.針對受審核方方針的管理職責;
7.規范性要求、方針、績效目標和指標(與適用的管理體系標準或其他規范性文件的期望一致)、適用的法律要求、職責、人員能力、運作、程序、績效數據和內部審核發現及結論之間的聯系。
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