ISO9001質量管理體系認證的認證周期為三年，第一年為初次認證審核，后兩年為監督審核，俗稱年審，年審是不能夠換機構的。如果堅持換機構，只能是在原證書無效的情況下，向新的認證機構重新申請認證，并且要按照初次審核的流程來進行。這樣即便是更換了認證機構，也無法進行年審了，只能進行初審，而初審與年審相比，審核流程較復雜，審核費用也較高。
可以向新的認證機構申請認證的情況
一是原證書三年的認證周期已過，需要重新認證，此時可以重新選擇認證機構進行認證;
二是原證書還在三年有效期內，但是由于未做監督審核或其他原因，原證書被原認證機構撤銷，并且企業能夠證明造成原證書撤銷的因素已消除(一般是自撤銷之日起滿一年)，此時可以重新選擇認證機構進行認證。
當企業發生以下幾種情況時，ISO9001質量管理體系認證證書會被撤銷：
(1)被注銷或撤銷法律地位證明文件的;
(2)被國家質量監督檢驗檢疫總局列入質量信用嚴重失信企業名單;
(3)拒絕配合認證監管部門實施的監督檢查，或者對有關事項的詢問和調查提供了虛假材料或信息的;
(4)拒絕接受國家產品質量監督抽查的;
(5)出現重大的產品和服務等質量安全事故，經執法監管部門確認是獲證組織違規造成的;
(6)有其他嚴重違反法律法規行為的;
(7)暫停認證證書的期限已滿但導致暫停的問題未得到解決或糾正的(包括持有的與質量管理體系范圍有關的行政許可證明、資質證書、強制性認證證書等已經過期失效但申請未獲批準);
(8)沒有運行質量管理體系或者已不具備運行條件的;
(9)不按相關規定正確引用和宣傳獲得的認證信息，造成嚴重影響或后果，或者認證機構已要求其糾正但超過2個月仍未糾正的;
(10)其他應當撤銷認證證書的。
綜上，年審更換認證機構是一項特別不經濟的決定，如果不是有特殊情況，建議在證書3年有效期內盡量不更換認證機構。
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