審核方案的實施有賴于組織對審核方案進行有效地管理。由最高管理者授權確定審核方案管理人，可以是管理者代表，也可以是歸口管理部門的負責人，其職責是制定、實施、監視，評審與改進審核方案。審核方案的實施步驟是：
1.組織評審審核方案；
2.向有關部門和人員溝通審核方案；
3.選擇合適的審核組，明確職責分工和要求；
4.編制年度內審計劃；
5.提供實施審核方案的資源；
6.實施內部審核，制定相應的程序和當次審核計劃；
7.當有不合格項時，應安排審核的后續活動；
8.監視和評審審核方案的有效性并對審核方案提出改進意見；
9.向組織的最高管理者報告內審審核方案的建立、實施、監視、評審和改進的結果；
10.保持審核方案及實施的有關文件和記錄（如審核方案評審報告，審核計劃，審核報告，不符合項通知單，現場審核記錄，審核人員能力及審核表現的評價記錄）。
對較小的組織，上述活動可適當簡化。
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