1、體系不同
ISO22000是一個關于食品安全管理體系的國際標準，它可以指導食品鏈中的各類組織，按照最基本的管理要素要求建立以HACCP為原理的食品安全管理體系。ISO22000標準可以用于組織自我完善和日常管理規范檢查的第一方內審。ISO22000也可以用于作為組織對其供應商第二方審核的標準依據，當然也可以用于第三方商業認證。
HACCP是由CAC（食品法典委員會，隸屬FAO和WHO）于1997年，在更新《食品衛生通則》CAC/RCP1-1996，Rev.的附錄時將《危害分析和關鍵控制點(HACCP)體系及其應用準則》作為建立食品安全管理體系的原則。
2、適用范圍不同
從范圍來說，22000適用于各個行業，HACCP適用食品及其相關行業。ISO22000內容涵蓋食品各行業，可以與企業的各種制度、各種保證食品安全的措施管理體系（ＳＳＯＰ、ＧＭＰ系列、ＨＡＣＣＰ等）整和；還有，HACCP主要針對食品生產企業，針對的是生產鏈的全部過程的衛生安全（對消費者的生命安全負責），22000也包括衛生安全，不過它更具體化了，整合了HACCP和ISO9001：2000的部分內容，而且它除了能提高企業產品的安全保證以外，還能提高企業的管理能力。
3、ISO22000標準強調了“確認”和“驗證”的重要性
“確認”是獲取證據以證實由HACCP計劃和操作性前提方案安排的控制措施有效。ISO22000標準在多處明示和隱含了“確認”要求或理念。“驗證”是通過提供客觀證據對規定要求已得到滿足的認定。目的是證實體系和控制措施的有效性。ISO22000標準要求對前提方案、操作性前提方案、HACCP計劃及控制措施組合、潛在不安全產品處置、應急準備和響應、撤回等都要進行驗證。
4、ISO22000標準建立可追溯性系統和對不安全產品實施撤回機制
ISO22000標準提出了對不安全產品采取撤回要求，充分體現了現代食品安全的管理理念。要求組織建立從原料供方到直接分銷商的可追溯性系統，確保交付后的不安全終產品，利用可追溯性系統，能夠及時、完全地撤回，盡可能降低和消除不安全產品對消費者的傷害。
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