一、高新技術企業認定一定要進行審計
高新技術企業認定是需要出具審計報告的，這一點在《 高新技術企業認定管理辦法》中的第6點有明確提到：
經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近一個月會計年度高新技術產品(服務)收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發活動說明材料;
二、高新技術企業認定專項審計內容
根據《高新技術企業認定管理工作指引》對高新技術企業認定申報材料的規定可以看出，高新技術企業認定的審計包括：
1、經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近一個會計年度高新技術產品(服務)收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發活動說明材料;)
2、經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告(包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書，實際年限不足三年的按實際經營年限);
3、近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。
三、高新技術企業認定審計需提交的資料：
1、企業法人營業執照(副本復印件)。
2、稅務登記證(國稅、地稅復印件)。
3、開業驗資報告、評估報告(復印件)。
4、上年度審計報告(復印件)。
5、章程、合同(復印件)。
6、年度會計決算報表或中期報表(企業資產負債表、損益表、現金流量表及各種附表、財務情況說明書)。
7、會計帳簿及會計憑證。
8、會計科目余額表(1級至末級的期初、期末和累計發生額)。
9、存貨及固定資產盤點表。
10、現金盤點表、銀行對帳單及調節表(人民幣、外幣)。
11、長期投資(被投資單位營業執照、章程、會計報表)
12、借款、貸款、投資合同、協議書(復印件)。
13、納稅申報表及繳款書。
14、項目立項書。
15、專利及著作權等證書。
16、2007年高新產品(服務)合同。
17、《高新技術企業認定申請書》、《企業注冊登記表》。
18、企業科技人員和研究開發人員的勞動合同。
19、技術創新活動證明材料，包括知識產權證書、獨占許可協議、生產批文，新產品或新技術證明(查新)材料、產品質量檢驗報告，省級(含計劃單列市)以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料。
20、業務約定書及管理當局說明書(蓋章)。
另外：三年研發費用表，收入表，和自測表
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