核算難點
《工作指引》中較明確規定了直接投入的開支范圍，但企業實際發生的研發費中的材料費品種繁多，部分領料單上亦未寫明具體用于什么研究開發項目，直接投入的認定和分配缺乏可靠的依據。
此外，很多申報企業特別是中小型企業以前年度并沒有獨立設置研發費用科目，發生的研發費分別記載于不同的會計科目，如實驗車間成本、管理費用、其他業務支出、在建工程、專項應付款等，而不同會計科目之間又不存在對申報明細表而言的勾稽關系。因此，申報企業將非研發材料成本計入研發直接投入中的人為操作空間很大。
應對措施
（1）對于日常生產領用材料和研究開發領用材料的區分，除通過重點檢查管理費用、原材料明細賬、原材料購入、發出、結存明細表、相關費用分配表等外，審計人員還可以考慮進行如下分析判斷：
①總量領用的合理性判斷；
②研究開發材料領用的月均波動情況是否合理；
③領用材料與研究開發項目的相關性判斷，必要時可以考慮利用外部專家工作。如，聘請行業專家，對研究開發項目有關直接投入的品種、數量、質量等因素的合理性、相關性進行評價；
④重點對研究開發材料所形成的實物成果進行盤點及殘次品的銷售進行綜合判斷。如，電纜生產企業研究開發項目領用的銅等重要材料，在考慮殘次品銷售的前提下，需要對期末實物庫存的合理性進行判斷。
（2）對于直接購入的能源、材料等，需要通過檢查購入發票、運輸單據、入庫單、領料單等確認其真實性，并聘請相關行業專家，確定購入的能源、材料等與研究開發項目的相關性。
（3）對動力費用、共同使用的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費等，可以采用工作量等合理的方法，分攤計入各研究開發項目成本。
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