ISO9001質量管理體系作為一種新的管理標準對于提升企業的管理水平和企業的競爭力有著十分重要的作用。 但是這一標準體系的運用并不十分廣泛， 在一些企業的應用中也存在一定的問題。
1、企業對于這ISO9001體系的認識不全面。
大多數企業領導者對于ISO9001體系的認識不全面， 引進這一體系僅僅是認為大多數企業都已經引進， 只是追趕潮流， 并沒有充分發揮這一體系的作用，在日常管理中并沒有運用這一標準進行管理。 企業管理者并沒有充分認識到這一標準對于企業發展的重要性， 并沒有針對這一標準制定出相應的管理制度和管理措施。 一些單位雖然設立了一定的制度，但是并沒有實質性的措施，質量管理體系未能充分發揮其監督作用。
2、實際運行中存在問題。
質量管理體系ISO9001認證貫穿于企業管理的全過程，但是大多數企業對這一體系的認識并不全面，在實際的運行中，未能建立與日常工作相統一的管理制度，導致這一體系在實際的工作中存在問題。 一方面企業日常管理工作與ISO9001體系要求存在差距。 企業日常管理工作制度長期以來都已經形成了習慣， 一些體系認證管理制度與企業日常管理工作相沖突，大多數企業還是按照以往的工作制度進行，新的制度未能發揮應有的作用。 另一方面這一體系運行缺少保障制度。 雖然企業僅僅根據這一標準改善企業的管理方式和管理內容，但是由于這一體系缺少相應的保障機制，很多企業在實際的管理中還沒有形成相對完善的保障機制。
3、工作人員素質有待于提高。
ISO9001質量管理體系有自己的標準體系，需要專業的管理工作人員貫徹執行。 企業管理人員需要一段很長的時間適應這一管理標準，但是現有企業工作人員還未能完全適應這一制度規范。 一方面工作人員對于這一規范的認識還有待于進一步完善，工作人員對ISO9001體系文件和標準的學習只停留在表面上，部分員工對自己在ISO9001體系運行中應充當什么角色并不太清楚。 另一方面企業缺少專業的質量管理體系執行人員和管理人員，導致這一體系在實際的運行過程中效果不理想。
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