1 食品中天然存在的毒素
①動物類食品中的天然毒素
（1）動物肝臟中的毒素
動物肝臟富含蛋白質、VA、葉酸，但同時也含有膽固醇及膽酸，肝臟是動物重要的電寫廢物和外源毒素的處理工廠，其中肝臟中主要的毒素物質為膽酸、內膽酸、脫氧膽酸和牛磺膽酸構成的混合物，毒性依次為牛磺膽酸>脫氧膽酸>膽酸，攝入量小不會中毒，脫氧膽酸對人腸道上皮細胞癌如結腸癌、直腸癌有促進作用。
（2）海洋魚類毒素:金槍魚、藍魚，貯藏在不適宜的條件下容易產生組胺導致中毒；
（3）河豚毒素：河豚味美而劇毒，多存在于河豚的卵巢、皮膚、肝臟甚至肌肉中，其LD50 為8.7μg/kg體重，人經口服的最大致死量為408.7μg/kg體重。
（4）貝類毒素：主要為麻痹性貝類毒素和腹瀉性貝類毒素。
②植物類食物中的天然毒素
（1）致甲狀腺腫大物質：甲狀腺腫大的主要發病原因是機體缺碘，食用某些十字花科甘藍屬的蔬菜如油菜、包心菜、花菜、芥菜等一會致病，其主要物質是以黑芥子硫苷為前體的物質和硫氰酸酯。
（2）生氰糖苷：廣泛存在于豆科、薔薇科和稻科中的糖苷水解形成氫氰酸，如木薯、杏仁、枇杷、豆類等。
（3）消化酶抑制劑：胰蛋白酶抑制劑、胰凝乳蛋白酶抑制劑、α-淀粉酶抑制劑；
（4）生物堿糖苷：含氮有機化合物，馬鈴薯變綠的地方有龍葵堿。
2 生物污染
主要是一些真菌毒素。如黃曲霉毒素、雜色曲霉毒素、金黃色葡萄球菌毒素，大腸桿菌毒素等。
3 化學污染
化學污染的食品毒素主要有：重金屬、多環芳烴、多氯聯苯、殘留農藥、食品添加劑等。
4 食品加工中形成的毒素有
一些加工過程如煙熏、煎炸、烘烤、高溫殺菌等中形成的毒素，常見的有：苯并[a]芘、Maillard 反應產物和一些雜環胺，腌肉中形成的亞硝基胺等。
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