企業知識產權管理體系是指將知識產權放在企業管理的戰略層面，從企業知識產權管理理念、管理機構、管理模式、管理人員、管理制度等方面視為一個整體，界定并努力實現企業知識產權使命的系統工程。
企業知識產權管理的使命隨企業不同而不同，有的著眼于服務創新，有的力圖防范知識產權法律風險，有的爭取知識產權資產的保值增值，總的說來都是為了企業知識產權利益的最大化，從而為企業贏得競爭優勢，實現企業的使命。
企業知識產權管理體系的理念是指整個管理體系的建立、健全和不斷完善所需的指導思想和基本原則。一般來說，企業知識產權管理體系服務于企業的經營目標，企業知識產權管理體系要統一于企業的戰略思想。只有為企業的經營目標服務，知識產權管理體系方能不失去方向感，企業才能從知識產權管理中獲得價值，反過來進一步促進知識產權的不斷發展。
(1)系統思維與目標管理的戰略理念
系統思維要求企業家必須將知識產權納入整個企業的戰略、企業的使命、愿景、價值觀等諸多方面進行系統考慮，而不是隨隨便便、應付國家號召之類，更不是短期行為。企業知識產權的積累、無形資產的管理是一個長期而艱巨的過程，只有勇于探索的企業才能獲得豐厚回報。系統思維的同時，知識產權管理還要注入目標管理的理念。管理首先要制定目標。企業的目的只有一個：創造顧客。既然企業的目的是創造顧客，那么企業的基本功能只能有兩項：市場營銷和創新。
目標管理是一種開明和民主的管理方式。不斷對目標提出質疑從根本上說是試圖把握不斷變化的社會需求。目標管理不像安裝機器一樣是一個機械的過程，而是一個有機的過程，類似于培育和澆灌樹木。它的運行原則是導向具體目標的自我控制。德魯克指出，目標管理的最大優點在于它能使人們用自我控制的管理來代替受他人支配的管理，激發人們發揮最大的能力把事情做好。
(2)專業管理與分工合作的管理理念
企業只有具備了明確的目標，并且在組織內部形成緊密合作的團隊才能取得成功。但在實踐過程中，不同的因素妨礙了團隊合作。只有對目標做出精心選擇后，企業才能生存、發展和繁榮。一個發展中的企業要盡可能滿足不同方面的需求，這些需求和員工、管理層、股東和顧客相聯系。目標管理可以培育團隊精神和改進團隊合作。如果一個領域沒有特定的目標，這個領域必然會被忽視。如果沒有方向一致的分目標指示每個人的工作，則企業的規模越大，人員越多，專業分工越細，發生沖突和浪費的可能性就越大。
(3)高效運作與保值增值的經營理念
創新可以被定義為一項賦予人力和物質資源以更新和更強創造財富的能力的任務，管理者必須把社會的需要轉變為企業的盈利機會
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