專利代理機構代理的專利申請如果被初步認定為非正常專利申請，通常會接到國家知識產權局發出的審查業務專用函(非正常)或者當地知識產權局(市場監管局)的通知，要求申請人在指定的期限內陳述意見并提交證明材料，或者主動撤回相關專利申請。
此時，專利代理機構應及時將相關文件或要求轉達專利申請人，做好政策解讀，提供后續處理建議，務必按照專利申請人的指示開展下一步工作，相關的指示一定要明確并且 “留痕”。在后續可能的專利復審、行政復議申請或者行政訴訟程序中，也同樣要遵循上述原則。
如果專利代理機構未經專利申請人同意撤回專利申請，或者因代理機構原因導致相關權利喪失，專利申請人將此線索向專利代理行業管理部門反映的話，那么該專利代理機構將涉嫌構成《專利代理管理辦法》第五十一條第一項“因故意或者重大過失給委托人、第三人利益造成損失，或者損害社會公共利益”，屬于《專利代理條例》第二十五條第五項“疏于管理，造成嚴重后果” 規定的情形，被立案調查。同時，專利申請人還可以通過起訴專利代理機構等途徑維護其民事權利。
此外,專利申請被初步認定為非正常后，如果經陳述意見國家知識產權局仍然認為屬于非正常專利申請，或者專利申請人撤回相關專利申請，那么該專利申請就確定成為“非正常專利申請”，相當于從“犯罪嫌疑人”變成了“罪犯”。情節惡劣的話，不僅專利申請人會受到處理，專利代理機構和專利代理師也同樣面臨不利的后果。
比如，《專利代理管理辦法》第五十一條第二項已明確規定，專利代理機構“從事非正常專利申請行為，嚴重擾亂專利工作秩序”屬于《專利代理條例》第二十五條規定的“疏于管理，造成嚴重后果”的違法行為。《專利代理管理辦法》第五十三條第二款“專利代理師因專利代理質量等原因給委托人、第三人利益造成損失或者損害社會公共利益的，省、自治區、直轄市人民政府管理專利工作的部門可以對簽名的專利代理師予以警告”，也可以用來處理專利代理師代理非正常專利申請的行為。
前期，國家知識產權局和相關地方知識產權局已公開一批相關案例，涉案專利代理機構分別受到吊銷專利代理機構執業許可證、責令停止承接新的專利代理業務，和警告、罰款等行政處罰。所以，專利代理機構務必要注意案源管控，加強內部流程管理，致力于形成良性、健康的業務模式。莫為“小利”，害人害己。
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