總的來講，申報高新技術企業過程中會產生以下幾部分費用：
①審計報告費用：根據企業資產及營收情況進行測算
②知識產權費用：根據認定條件，認定時需要1件以上一類知識產權或5件及以上的二類知識產權
③代理費：根據企業綜合情況定價(如企業自行申報，則無需此類費用)
下面詳細來看：
一、高新企業代理費
1、第三方認定(整體統籌規劃)：最能體現第三方認定服務水平，整個認定過程中價值的體現，好的整體統籌規劃能夠確保整個認定過程的順利進展，好的專家和一般水平的服務人員的價格相差巨大，傳統企業統籌到高新技術企業的專家最高收費可能上幾十萬，本身是高新領域的企業認定時可能不收費或者少收費，價格在1-5萬元。
2、第三方認定(申請表編制)：主要是RD表和PS表的編制，能夠體現企業的高新技術和核心技術，能夠確保企業的技術屬于高新技術領域，價格在1萬元左右。
3、第三方認定(材料整理編制)：包括并不限于企業的研發管理體系的建立和實施整理、各項材料的整理編制、科技成果轉化的整理編制等，整份材料涉及到多方面，好的材料整理編制能夠讓評分上升，價格在1萬元左右。
4、第三方認定(疑難雜癥處理)：屬于特殊費用，不同的企業會涉及到不同的問題，屬于不正常收費，收費情況看第三方服務水平和技術能力。
二、高新企業知識產權授權：
發明專利等I類專利以授權或者轉讓的費用不等，從申請到授權時間跨度大，基本以兩年以上為主，轉讓時間為1-2個月為主，自主申請授權費用較少，基本在1萬元左右，轉讓費用看專利的價格，低的幾千，高的上萬到十幾萬(一般情況下，以高新技術企業認定需求的發明專利轉讓以符合企業技術的低價格發明專利為主);實用新型專利和軟件著作權為II類專利，申請到授權時間比較短，價格比較低，整個高新認定需要II類專利至少6個以上為最佳。
三、高新企業財務費用：
1、年審報告：三年的年審報告，年審報告數據要跟高新技術企業認定里面的研發費用等數據一致，基本需要重新出具年審報告。
2、研發費用的專項審計報告：有資質的會計師事務所出具的三年研發費用的專項審計報告，研發費用需要符合高新技術企業認定的比例，價格根據企業的資產和研發費用不等，有行業標準。
3、高新產品的專項審計報告：有資質的會計師事務所出具的最近一年的高新產品的專項審計報告，報告價格根據企業的資產和高新產品費用不等，有行業標準，一般情況下兩份專項審計報告同時由一個會計師事務所出具，價格統一報價。
4、三年研發費用的歸集：由企業會計歸集或者代理記賬公司歸集，一般情況下企業本身三年正常研發費用的單獨建賬不需要費用，費用根據研發費用和企業賬目核算，一般300元-500元/月，三年的研發費用需要全部歸集。
四、高新企業查新檢測費：
科技成果轉化年平均5項以上，國家高新技術企業認定一般需要16項科技成果，每項科技成果轉化需要三項以上證明材料，總證明材料需要48份以上，證明材料包括并不限于科技查新、專利證書、用戶使用報告、銷售證明、工藝流程、企業標準、第三方檢測報告等，科技查新一般500元/項，第三方檢測報告一般3000元/項，需要多少份符合要求的科技查新和第三方檢測報告，由具體情況而定。
五、產學研合作：
由企業和大專院校等機構簽訂的產學研合作協議，協議必須要有，且必須要實際發生，價格根據實際情況而定，產學研費用跨度很大，小的合作萬元左右，大的合作百萬都不止。
國家高新技術企業認定是一項系統工程，也是一項跨度三年以上的工程，涉及到的費用也方方面面，小編給的也是一個市場參考價格，具體的價格根據企業的不同而不同。
高新技術企業代理服務內容
(1)幫助企業做好研發費用歸集，并建立輔助賬，輔助所得稅匯算清繳申報加計扣除，研發人員的歸集，高新技術產品、科研項目的歸集等。
(2)輔助企業做好知識產權規劃，指導企業申報知識產權。
(3)輔助企業開展高新技術企業申報。
(4)關注后期政府獎勵通知，隨時通知并協助企業申請政府獎勵資助。
(5)對202X年成功認定的國家高新技術企業在有效期內(三年)，幫助企業完成每年高新技術企業的火炬調查報表、發展年報報表和重慶市科技型企業年報報表的填報。
(6)為企業提供3個年度項目規劃，包括高新技術企業范圍內及其延伸的相關業務，如研發費用加計扣除、高新技術產品、科技計劃等，輔助企業規范發展，確保在有效期內保持符合高新技術企業認定條件，滿足到期后高企再次認定。
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