軟件著作權的登記流程是：向中國版權保護中心提交按要求填寫的軟件著作權登記申請表;軟件的鑒別材料;相關的證明文件。中國版權保護中心應當自受理日起60日內審查完成所受理的申請，申請符合法律規定的，予以登記，發給相應的登記證書，并予以公告。
軟件著作權人辦理計算機軟件登記，要經過以下程序：
1、軟件著作權人依法向中國版權保護中心提出登記申請;
2、中國版權保護中心收到登記申請后，依法進行60日的審查;
3、中國版權保護中心對審查通過的，應當予以登記，發給相應的登記證書，予以公告。
法律依據：《計算機軟件著作權登記辦法》
第七條
申請登記的軟件應是獨立開發的，或者經原著作權人許可對原有軟件修改后形成的在功能或者性能方面有重要改進的軟件。
第八條
合作開發的軟件進行著作權登記的，可以由全體著作權人協商確定一名著作權人作為代表辦理。著作權人協商不一致的，任何著作權人均可在不損害其他著作權人利益的前提下申請登記，但應當注明其他著作權人。
第九條
申請軟件著作權登記的，應當向中國版權保護中心提交以下材料：
(一)按要求填寫的軟件著作權登記申請表;
(二)軟件的鑒別材料;
(三)相關的證明文件。
第十九條
對于本辦法第九條和第十四條所指的申請，以收到符合本辦法第二章規定的材料之日為受理日，并書面通知申請人。
第二十條
中國版權保護中心應當自受理日起60日內審查完成所受理的申請，申請符合《條例》和本辦法規定的，予以登記，發給相應的登記證書，并予以公告。
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