高新技術企業認定主管部門：科技、財政、稅務部門;其他相關部門：環保、質量/安監、審計等部門。
每個部門所審查的要點不同，如：科技部門會對企業技術領域是否屬于管理辦法或工作指引中的領域、專利權屬及專利時效確認、主要產品(服務)收入占高新收入比例是否超過50%、申報前后各期數據對比及與高新年報數據對比、申報材料各項指標核對;
財政部門每年定期對承擔高企審計的事務所進行底稿等風險檢查，并抽選部分企業進行延伸檢查、會計師事務所行業協會自律檢查。
不同申請領域的高新技術企業會安排相關專家進行評分，并且每個領域的通過率不同。
第六條 科技部、財政部、稅務總局組成全國高新技術企業認定管理工作領導小組(以下稱“領導小組”)，其主要職責為：
(一)確定全國高新技術企業認定管理工作方向，審議高新技術企業認定管理工作報告;
(二)協調、解決認定及相關政策落實中的重大問題;
(三)裁決高新技術企業認定事項中的重大爭議，監督、檢查各地區認定工作;
(四)對高新技術企業認定工作出現重大問題的地區，提出整改意見。
第七條 領導小組下設辦公室。辦公室設在科技部，其主要職責為：
(一)提交高新技術企業認定管理工作報告;
(二)組織實施對高新技術企業認定管理工作的檢查;
(三)負責高新技術企業認定工作的專家資格的備案管理;
(四)建立并管理“高新技術企業認定管理工作網”;
(五)領導小組交辦的其他工作。
第八條 各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門組成本地區高新技術企業認定管理機構(以下稱“認定機構”)，根據本辦法開展下列工作：
(一)負責本行政區域內的高新技術企業認定工作;
(二)接受企業提出的高新技術企業資格復審;
(三)負責對已認定企業進行監督檢查，受理、核實并處理有關舉報;
(四)選擇參與高新技術企業認定工作的專家并報領導小組辦公室備案。
第九條 企業取得高新技術企業資格后，應依照本辦法第四條的規定到主管稅務機關辦理減稅、免稅手續。
享受減稅、免稅優惠的高新技術企業，減稅、免稅條件發生變化的，應當自發生變化之日起15日內向主管稅務機關報告;不再符合減稅、免稅條件的，應當依法履行納稅義務;未依法納稅的，主管稅務機關應當予以追繳。同時，主管稅務機關在執行稅收優惠政策過程中，發現企業不具備高新技術企業資格的，應提請認定機構復核。復核期間，可暫停企業享受減免稅優惠。
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