申請ISO9001認證所需的費用主要有兩部分，一部分由輔導機構收取，一部分由認證機構收取。其中輔導機構收取的費用為咨詢費，由輔導機構幫助企業完善體系相關文件，此費用沒有準確的市場定價，這取決于企業對咨詢結果的要求.
如果希望通過建立體系真正提高公司相關人員的質量意識，則費用要高一些，如果企業具備條件，也可以自行編寫相關文件，當然我們認證機構是希望企業能夠自己編寫文件的，這樣能夠將標準真正融入企業日常管理中，對企業管理水平的提升和長遠發展都是很有利的。
認證機構收取的費用包括認證費和差旅費，認證費根據企業規模、組織架構、是否涉及多場所等因素綜合確定，一般50人以下的小企業，認證費約3500-500元，隨著人數增多，認證費也相應增多，每個認證機構都有一套收費標準，具體可以咨詢認證機構;
差旅費主要是審核員的交通費和住宿費，如果認證機構有本地審核員，則審核差旅費基本為零，如果從外地調派審核員，審核差旅費可能有大幾千元，差距比較大。目前很多機構為了給企業減輕負擔，都會優先派遣本地審核員，此部分費用能降低很多。
當然，選擇認證機構時也不能只圖便宜而忽略了認證質量，如果認證機構只是走個過場就直接發證，假如企業產品質量出現問題，影響的不僅是企業和認證機構的信譽，還有廣大消費者的切身利益。因此，企業在做ISO認證時，除了關注價格，還要關注審核質量，選擇靠譜的認證機構。
綜上，要做ISO9001認證，費用一般為4000-12000元(不包括年審)，最便宜的可能需要4000左右，具體要根據認證公司的收費標準，以及企業的位置、行業、規模等因素確定。
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