三體系認證(ISO9001、ISO14001及ISO45001認證)，辦理流程均需經過聯系認證機構、提交申請文件、合同評審及簽訂、文審、現場審核、注冊等流程。三體系認證為企業組織管理的重要部分，三種認證分別從不同方面規范企業活動及行為。具體辦理方法如下：
1、ISO9001認證：側重對產品質量的管理。
(1)文件管理規范化，例如各類質量手冊、質量記錄清單、技術文件，這些文件都需要有規范的批準簽字及日期，發放流轉記錄也要齊全。
(2)管理評審及內審：管理評審及內審都需具備計劃表、簽到表、會議記錄及報告等文件。
(3)業務體系管理：各類業務往來文件也要歸檔整理，包括臺賬、采購清單、原料成品臺賬、質量監控記錄、設備清單、檢修記錄、發貨清單、發貨計劃等內容。
(4)人事材料整理：崗位需求說明書、培訓記錄、任職要求等內容。
(5)后續流程：準備齊全后，可進行提交申請文件、合同評審及簽訂、文審、現場審核、注冊等流程。
2、ISO14001認證：強調對環境因素的控制(主要指生態系統、公共環境等因素)。
(1)準備法規要求文件 ：包括排污監測報告、環評及批復意見、排污許可證、消防驗收報告等內容，這些文件均需要標注好序號、日期，且有規范簽字確認。
(2)準備體系達標類文件：具體可包括環境因素清單、環境體系監控記錄，并且需整理應急設施檔案及應急設施檢查記錄表等文件，與法規文件一致，均需標注好序號、日期，且有規范簽字確認。
(3)后續：材料準備齊全后，開啟認證流程，這一點與ISO9001類似。
3、ISO45001(OHSAS18001)是針對職業安全健康的認證，(主要是為了控制職業危害，保護職工的安全健康等)
(1)安全生產許可證等：表明企業具有安全生產條件的最基本保障，各類實體生產制造企業均需具備。
(2)職業健康安全管理體系等：結合ISO45001的要求，將企業生產管理納入認證體系的要求中來。
(3)公司各樓層緊急逃生平面圖等：直接關于職工勞動安全與健康，需定期進行更新。
(4)后續流程：與ISO9001認證類似，也需經過后續流程完成注冊。
ISO三體系是企業的萬金油，各行各業的招投標都需要ISO三體系資質證書，企業如未申請ISO三體系證書，盡快申請，以備將來之需。
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