IATF16949標準與ISO9001標準相比其主要的差別在于：
1、在內容上的區別
IATF16949從標準的內容上來說比ISO9001標準多，從結構上講，其分為三個部分：
第1部分：是以ISO9001為基礎的要求;包括ISO9001標準的全部條款，所以認證了IATF16949.可以不用認證ISO9001.當然也可以增發，不需要額外對ISO9001進行單獨審核;
第2部分：行業特殊要求;不是汽車相關產品的生產是不可以認證IATF16949的，但非汽車產品可以認證ISO9001.只有汽車產品的設計或銷售也同樣是不能認證IATF16949;
第III部分:IATF16949在ISO9001基礎上增加了五大工具的內容，即五大手冊，在內部審核方面也在ISO9001基礎上增加了產品審核與過程審核。
另外，IATF 16949 配套五大手冊如下：
產品質量先期策劃和控制計劃(APQP)參考手冊;
潛在的失效模式和效果分析(FMEA)手冊;
生產件批準程序(PPAP)手冊;
測量系統分析(MSA)參考手冊;
基礎統計過程控制(SPC)參考手冊;
以上均在IATF 16949標準內被相互引用，其中包括大量為供方使用的表格，因此從這點來說，對體系的建立，相對ISO9001來得簡單，而IATF16949比較復雜。
2、在要求上的區別
IATF 16949增加最多的部分如下：
業務計劃，盡管這部分內容不須經第三方審核;
明確顧客滿意、趨勢和指示，基準等;
失效模式和效果分析(FMEA);
與政府安全和環境法規的要求一致;
過程能力分析;
生產件批準(PPAP);
測量系統分析(MSA);
組織交付能力的監控;
持續改進;
防錯。
生產件批準為一種實用技術，它不僅僅被汽車行業采用。防錯是應用過程或設計特性來防止不合格品的產生;
IATF 16949的先期質量策劃拓展了ISO9001標準對質量策劃的要求,同時將質量計劃和控制計劃結合在一起。
失效模式和效果分析作為一種策劃工具，也可用作預防措施工具,對供方的管理比ISO9001要求明確，對供言的開發被作為IATF 16949的一個要求，同時要求供方必需通過PPAP。
3、另一與ISO9001標準有較大區別的是：IATF 16949更關注職業健康安全( ISO45001)和環境(ISO14000)要求而ISO9001更關注產品的質量。這一點很好理解.
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